Современная история Темрюка, наиболее точно отраженная в истории, начинается с момента заселения Таманского полуострова Запорожскими казаками. 3 августа 1775 года царица Екатерина II издала манифест, в котором говорилось об упразднении Запорожского казачества. Манифест гласил: "Сечь Запорожская вконец уже разрушена, со истреблением на будущее время и самого названия запорожских казаков… за оскорбление Нашего Императорского Величества через поступки и дерзновение, оказанные от сих казаков в неповиновении Нашим Высочайшим повелениям". Запорожская сечь была слишком свободной и неудобной для России, казаки не подчинялись государственным указам. Призванные к защите южных границ России, они даже сами нападали на российские поселения с целью наживы. Большая часть казаков после этого манифеста обосновалась за Дунаем, который напоминал их родной Днепр.

До 1791 года (конец русско-турецкой войны) бывшие запорожские казаки были востребованы: из них было создано Черноморское войско, успешно участвовавшее в боях с турецкой армией. Но после войны с турками умер Великий гетман войска светлейший князь Г.А. Потёмкин, который дал земли казакам между Бугом и Днестром, но его представление о поселении казаков, действующее при жизни, Екатерина II не утвердила, т.к. решила переселить казаков на Тамань. Для разрешения всех вопросов, связанных с переселением и владением заселяемых земель, в 1792 году в Петербург отправилась казачья делегация во главе с войсковым судьёй А.А. Головатым. Через 4 месяца пребывания в Петербурге, хождения по всем инстанциям, делегация добилась полного успеха. Высочайшей грамотой, подписанной 30 июня 1792 года, Черноморскому войску жаловались в вечное владение "остров Фанагория, со всей землей, лежащей на правой стороне Кубани, от устья к Усть-Лабинскому редуту, так, чтобы с одной стороны река Кубань, с другой же Азовское море до Ейского городка служили границей войсковой земли". Переселялись казаки морем, на судах своей флотилии. Сушей одна часть через Крым, а другая по землям бывшей Запорожской сечи, а потом войска Донского.

В Темрюк переселенцы пришли через Крым, под командой полковника Кордовского. После заселения Темрюка казаками он стал называться Темрюкским урочищем, в 1800 году в нём было всего 17 хижин. Для казаков Темрюк служил военным портом. В 1821 году Темрюк из урочища был переименован в местечко, в 1831 - в курень, а в 1843 году - в станицу. В годы Крымской войны 1853-1856гг. пострадал не только Севастополь, но досталось и Таманскому полуострову. В сентябре 1855 года англо-французские войска высадили десант в районе Тамани, с кораблей обстреливали ст. Ахтанизовскую и полностью ее уничтожили, со стороны Азовского моря флот англичан обстреливал побережье, их целью были станица Голубицкая, Темрюк, жители которого были эвакуированы.

22 марта (4 апреля по новому стилю) 1860 года состоялось "высочайшее повеление", в котором говорилось: "На Азовском море в пределах земли войска Черноморского, у так называемого Темрюкского (Курчанского лимана), открывается порт и учреждается на месте, занимаемом Темрюкской станицей, портовый город Темрюк". Наибольшие льготы при заселении Темрюка предоставлялись жителям Анапы и Новороссийска, разоренных во время Крымской войны, а затем лицам Черноморского казачьего сословия. В 1860 году число жителей Темрюка составляло 4723 человека. Ввиду того, что земли и водоемы принадлежали казакам, население, не принадлежащее к казачьему сословию, не могло наравне с казаками ни землю обрабатывать, ни рыбу ловить. На этой почве до 1900 года происходили постоянные стычки, драки, были даже смертельные исходы этого противостояния между казаками и жителями Темрюка. В 1900 году военным советом были изданы временные правила о рыболовстве в водах, принадлежащих Кубанскому казачьему войску. В них в виде исключения жителям Темрюка наконец-то предоставлялось право свободного лова рыбы наравне с казаками.

Строительство порта происходило тоже не без проблем: казаки не давали возможности строить порт на своих водных угодьях. Начали стройку только в 1905 году, закончили через 3 года. В конце XIX - начале XX века экономическая жизнь города понемногу развивалась, основным же предприятием был порт, через который шла торговля зерном с заграницей. Потом началось: революции, войны; после них всякие эксперименты типа: превратим Тамань в Советскую Шампань, потом борьба с чрезмерным употреблением спиртных напитков путем раскорчевки виноградников и т.д., и т.п., процесс продолжается и поныне. Хотя надо отметить не только количественный, но и качественный рост производства продуктов виноделия. Широкую известность приобрели вина, которые производит агрофирма "Фанагория". Невзирая ни на что начинает новую жизнь морской торговый порт, с каждым годом растут объемы перевалки грузов, расширяется их ассортимент: зерно, металлолом, лес, стекло, удобрения, алюминий, трубы.

Настоящее же богатство Таманского полуострова в его климате и географическом положении, каждое лето сюда приезжают желающие отдохнуть на пляжах двух морей, Азовского и Чёрного. Практически во всех прибрежных населённых пунктах налажен сервис обслуживания отдыхающих, можно выбирать между частным сектором и разными по уровню обслуживания базами отдыха, кемпингами и т.д.